جنگ سرآغاز دوران تحول روحی محمد باقر قالیباف در جوانی بود.او فرمان بنیانگذار انقلاب را لبیک گفت و به سوی جبهه های حق علیه باطل شتافت. جسارت، شهامت و توانایی های ویژه او باعث شد به سرعت پیشرفت کند و از فرماندهی گردان به فرماندهی تیپ و سپس به سمت فرمانده تیپ 21 امام رضا(ع)ارتقاء پیدا کند. پس از عملیات خیبر در سال 63 كه به آزادسازی منطقهای در هور، جزایر مجنون و بخشي از طلاییه انجامید، قالیباف 22 ساله فرمانده لشگر 5 نصر خراسان شد. قاليباف نزدیک به 4 سال فرمانده لشگر بود و سرنوشت عملیاتهای بزرگی را تعیین كرد. او پس از جنگ فرمانده لشگر 25 کربلا، جانشین ستاد نیروی زمینی ، فرماندهی قرارگاه سازندگی خاتمالانبیاء و جانشین نیروی مقاومت بسیج شد
حضور در جبهههاي جنگ
جنگ تحميلي كه شروع شد، بسياري از جوانان از نقاط مختلف كشور به فرمان حضرت امام(ره) راهي جبههها حق عليه باطل شدند تا از خطوط مرزهای کشور دفاع كنند. محمدباقر قالیباف که در آن زمان نوزده سالگی را میگذراند یکی از همان جوانان بود. او به همراه نیروهای اعزامی از خراسان لباس رزم برتن كرد و براي دفاع از مرزهاي كشور راهی جبهههای دفاع مقدس شد و در حماسههای پر شور رزمندگان اسلام سهم بسزایی ایفا کرد.
فرماندهي گردان
هنوز مدت كوتاهي از حضور محمدباقر قاليباف در جبهههاي جنگ نگذشته بود كه فرماندهان متوجه تواناييهاي ويژه او شدند. جرأت و جسارت او در کمترین زمان زبانزد نیروهای اعزامی خراسان شد، به طوری که پس از چند ماه فرماندهی گردان را به او سپردند. در این ایام شهید نظرنژاد درباره او گفت: «آنجا بود که من فهمیدم حاج باقر قالیباف کم آدمی نیست.... آدم برشداری است.... یکی از فرماندهان خوب خواهد شد.»
اولين فرماندهي عمليات
اواخر ارديبهشت ماه سال 61 بود كه فرمانده تيپ 21 امامرضا(ع) اسير شد و قالیباف در حالی که فرماندهی یکی از گردانهای تیپ را بر عهده داشت با سرعت ابتکار عمل را به دست گرفت و تیپ را به سامان رساند. قالیباف در این وضعیت با تدبیر و مدیریت نیروهای پیاده، خط اول و دوم دشمن را شكست. پس از این عملیات او در جمع فرماندهان رده بالای سپاه پاسداران راه يافت و در جمعآوری اطلاعات دشمن مشارکت كرد.
فرماندهي تيپ
استعدادها و تواناییهاي مدیریت قالیباف در دوران جنگ روز به روز بيشتر آشکار ميشد. پس از عملیات رمضان او به عنوان فرمانده عملیات تیپ 21 امام رضا(ع) در عملیات مسلم ابن عقیل ایفاي نقش كرد و پس از عملیات به سمت قائم مقام فرمانده تیپ منصوب میشود. بعد از عملیات والفجر يك در منطقه فكه هم فرماندهی اين تيپ برعهده قالیباف گذاشته شد. او به مدت یک سال این سازمان رزمی را اداره كرد.
فرماندهي لشگر
پس از عملیات خیبر در سال 63 كه به آزادسازی منطقهای در هور، جزایر مجنون و بخشي از طلاییه انجامید، جوان 22 سالهاي فرمانده لشگر 5 نصر خراسان شد. او محمدباقر قاليباف بود كه در عملیات بدر در منطقه هورالهویزه خاطرات حماسی و بیاد ماندنی برجای گذاشت. قاليباف نزدیک به 4 سال فرمانده لشگر بود و سرنوشت عملیاتهای بزرگی را تعیین كرد که شاخصترین آنها عملیات والفجر 8 براي فتح منطقه فاو بود.
پايان جنگ دوران سازندگي
جنگ تحميلي كه تمام شد، نوبت سازندگي كشور رسيد و قاليباف هم از اين قافله عقب نماند. او پس از جنگ فرمانده لشگر 25 کربلا، جانشینی ستاد نیروی زمینی و فرماندهی قرارگاه سازندگی خاتمالانبیاء شد كه پروژههایی همچون راهآهن ١٦٥ کیلومتری مشهد-سرخس، گازرسانی به ٥ استان، ساخت سازه عظیم دریایی و سد بزرگ کرخه از جمله اقدامات ایشان است. قاليباف سپس جانشیني نیروی مقاومت بسیج را برعهده گرفت.